Das Ziel in Mondoku ist es, das gerasterte Spielfeld vollständig mit Zahlen zu füllen. Dabei sollte jede Zahl nur einmal pro Reihe und Spalte auftauchen
Anders als beim klassischen Sudoku können die Felder unterschiedlich groß sein. Lass dich davon nicht ablenken. Wenn sich ein Zahlenfeld über mehr als eine Reihe oder Spalte erstreckt, bleibt die Regel bestehen, dass die Zahl nur einmal pro Reihe/Spalte auftauchen darf. Fülle also die restlichen Felder entsprechend danach aus.
Der Schwierigkeitsgrad in Mondoku variiert, je nachdem wie viele Zahlen im Raster eingetragen werden müssen. Die leichteren Level beginnen mit den Zahlen 1-3, während die komplexesten Level die Zahlen 1-9 einschließen. Auch die Größe des Spielfelds ist ausschlaggebend. Mondoku folgt nicht dem 9x9 Muster, sondern kann durch die unterschiedlichen Zahlenfeldgrößen auch verschieden detaillierte Spielfelder haben.